後から変更出来ますが、インストール時にあらかじめ設定しておいた方が気持ちが良いです。「インストールするコンポーネント」ダイアログで「詳細設定」をクリックすることで、参照先を変更可能。その際、変にフォルダを作らず単純に「D:\」を選択。そうすると、「D:\MSSQL.1\MSSQL」と作成されます。